Istorijski podaci o apotekarstvu u Topličkom okrugu datiraju sa kraja XIX veka. Prvu apoteku otvara apotekar Đorđe Brzaković,
u centru varoši (današnji hotel Hameum). Iz porodičnih razloga Đorđe Brzaković predaje apoteku Vasi Ravničaninu.
Apoteku kasnije preuzima apotekar Dušmanić, a od njega Sava Lukić.
Sava Lukić po svojoj krsnoj slavi apoteku naziva "Sveti Nikola" , dok je ondašnji Prokupčani zovu "Lukićeva apoteka".
Apoteka "Sveti Nikola" radi do završetka drugog svetskog rata, kada je srušena, a na to mesto je izgrađen Dom društveno - političkih organizacija.
Drugu apoteku u Prokuplju otvara Miloš Nikolić u centru varoši ( mesto današnje Gradske Apoteke). Miloš Nikolić završava farmaceutski
fakultet na zagrebačkom sveučilištu. Apoteka počinje sa radom 01. novembar 1907. godine i
dobija ime "Sveti Jovan" po krsnoj slavi Miloša Nikolića. U vođenju apoteke uz Miloša učestvuje i njegova žena Angelina.
Od posledica bolesti dobijene u Prvom svetskom ratu Miloš Nikolić umire u 37-oj godini. Upravljanje Apotekom po oslobođenju 1918.
godine nastavlja Miloševa žena Angelina uz pomoć magistra farmacije Sergija Kurjačkog.
Sinovi Miloša i Angeline, Milivoje i Borivoje studiraju farmaciju na zagrebačkom sveučilištu. Po završetku studija vraćaju se u Prokuplje
i 1933. godine preuzimaju upravljanje apotekom.
Braća Nikolić, po svojoj recepturi prave jednu od prvih pomada u Srbiji i nazivaju je po majci "Nana".
Apoteka "Sveti Jovan" , od naroda nazvana "Nikolićeva" je nacionalizovana posle Drugog svetskog rata.
04. decembra 1945. godine, povereništvo za higijenu nove vlasti osniva "Narodnu apoteku" u državnoj svojini na mestu "Nikolićeve apoteke".
Vođenje apoteke nastavlja dotadašnji vlasnik Borivoje Nikolić. Gradski narodni odbor u Prokuplju 09. januara 1949. godine
menja naziv i pravni status apoteke i osniva Gradsko apotekarsko preduzeće pod nazivom "Narodna apoteka".
Upravnik preduzeća je magistar farmacije Borivoje Nikolić. Gradsko apotekarsko preduzeće "Narodna apoteka" je upisana u
registar Državnih privrednih preduzeća 09. aprila 1949. godine.
U narednom periodu otvaraju se apotekarske stanice po okolini 19. septembra 1949. godine u selu Velika Plana, 17. oktobra 1950.
godine Apotekarska stanica u selu Žitni Potok, 16. februara 1956. godine Apotekarska stanica u selu Pukovcu.
Narodna apoteka 1950. godine počinje izdavanje leka po receptima bez naplate i to državnim osiguranicima. U Apoteci pored Borivoja Nikolića radi i apotekar Ljubica Lukić žena Save Lukića vlasnika apoteke "Sveti Nikola". 60-tih i 70-tih godina XX veka upravnik apoteke je mr.ph. Miodrag Miško Perić.
Narodna Apoteka 1970. godine ulazi u sastav Medicinskog centra Toplica i menja naziv u OOUR Narodna apoteka sa
direktorom Miodragom Perićem.
01. januara 1991. godine Medicinski centar Toplica menja naziv u Zdravstveni centar Toplica, a OOUR Narodna apoteka menja naziv u radna jedinica "Apoteka". Upravnici radne jedinice su mr.ph.Miodrag Perić do maja 1992. godine, do septembra 1993. godine mr.ph. Slobodan Mitrić i do septembra 1998. godine mr.ph. Dragana Božić.
Aktom Republike Srbije apoteka se izdvaja iz sastava Zdravstvenog centra Toplica 01. oktobra 1998.godine, dobija naziv Apotekarska
ustanova Prokuplje, a osnivač je Republika Srbija. Direktor Apotekarske ustanove je mr.ph. Dragana Božić Miljković.
Apotekarsku ustanovu Prokuplje 01. juna 2006.godine preuzima Skupština opštine kao osnivač i menja naziv u "Apoteka Prokuplje". Direktori "Apoteke Prokuplje" od prelaska na lokalnu samoupravu do danas su :
- do septembra 2007.godine mr.ph. Dragana Božić Miljković;
- do novembra 2008. godine dr Bratislav Jovanović;
- do novembra 2012. godine dr Veselin Koprivica;
- do decembra 2013. godine dr Darko Laketić;
- do danas dipl.prav. Zlatan Miljković.
Danas Apoteka Prokuplje u svom sastavu ima sledeće apoteke : Gradska Apoteka, Apoteka Nana, Apoteka Žitorađa, Apoteka Blace, Apoteka Zdravlje i jedinice za izdavanje gotovih lekova : JZGL Zdravlje, JZGL Garić, JZGL Sv. Prokopije, JZGL Pejkovac, JZGL Mala Plana i JZGL Žitni Potok.